دانشگاه گندی‌شاپور یکی از بزرگترین و معتبرترین دانشگاه‌های دنیا در دوران ساسانیان بوده است.
دانشگاه جندی شاپور (که بصورت جندیشاپور نیز نامیده شده) در سال۲۷۱ بدست شاهنشاهان ساسانی در دزفول بنیاد نهاده شد. این فرهنگستان همچنین دارای یک بیمارستان آموزشی و یک کتابخانه بود. بیمارستان جندی شاپور نخستین بیمارستان آموزشی جهان بود. در این فرهنگستان دانش‌های فلسفی و پزشکی تدریس می‌شد و بنا به روایات حبس و مرگ مانی پیغمبر نیز در جندیشاپور روی داده‌است.
جندی شاپور یکی از هفت شهر اصلی خوزستان بود. نام آن در آغاز «گوند-دزی-شاپور» به معنی «دژ نظامی شاپور» بوده‌است. دیگر نام‌هایی که برای آن به‌کار می‌رفته عبارت است از پیل‌آباد، خوز، نیلا، نیلاط. در سریانی آن را بیت لاباط می‌نامیدند.
برخی پژوهشگران بر اینند که بنیادی همانند به جندیشاپور از زمان پارتیان در این جایگاه قرار داشته‌است. شهری به نام جندی شاپور را شاپور یکم فرزند اردشیر ساسانی پس از شکست دادن سپاه روم به سرکردگی والرین، بنا نهاد. شاپور یکم جندی شاپور را پایتخت خود قرار داد.
نام آوری جندی شاپور بیشتر در زمان خسرو انوشیروان ساسانی انجام گرفت. خسرو انوشیروان گرایش فراوانی به دانش و پژوهش داشت و گروه بزرگی از دانشوران زمان خود را در جندی شاپور گرد آورد. در پی همین فرمان خسرو بود که برزویه، پزشک بزرگ ایرانی، مأمور مسافرت به هندوستان شد تا به گردآوری بهترین‌های دانش هندی بپردازد. امروزه شهرت برزویه در ترجمه‌ای است که از کتاب پنچه تنتره هندی به پارسی میانه انجام داد که امروزه به نام کلیله و دمنه معروف است.
بنابراین فرهنگستان جندی شاپور از کانون‌های اصلی دانش‌ورزی، فلسفه و پزشکی در جهان باستان شد. در برخی منابع اشاراتی به انجامآزمون و امتحان برای اعطاء اجازه طبابت به دانش‌آموختگان دانشگاه جندی شاپور شده‌است. کتاب «تاریخ الحکمه» (سرگذشت فرزانگی) به توصیف این مسئله می‌پردازد. شاید این نمونه نخستین برگزاری آزمون دانشگاهی در جهان بوده باشد.
تمامی کتاب‌های شناخته شده آن روزگار در زمینه پزشکی، در کتابخانه جندی شاپور گردآوری و ترجمه شده بود، با اینکار جندی شاپور تبدیل به کانون اصلی انتقال دانش میان شرق و غرب گشت. جندی شاپور و همچنین آموزشگاه وانسیبین که پیش از فرهنگستان جندی شاپور در دزفول بنیاد شده بود تأثیر بزرگی در شکل گرفتن نهاد «بیمارستان» بویژه کلینیک آموزشی در جهان داشتند.
دانشگاه جندی شاپور در عصر خود بزرگترین مرکز فرهنگی شد. دانشجویان و استادان از اکناف جهان بدان روی می‌آوردند. مسیحیان نسطوری در آن دانشگاه پذیرفته شدند و ترجمه سریانی‌های آثار یونانی در طب وفلسفه را به ارمغان آوردند نو افلاطونیها در آنجا بذر صوفی گری کاشتند. سنت طبی هندوستان، ایران، سوریه و یونان در هم آمیخت و یک مکتب درمانی شکوفا را به وجود آورد. به فرمان انوشیروان، آثار افلاطون و ارسطو به پهلوی ترجمه شد و در دانشگاه تدریس شد.
در سال‌های آغازین پیدایش دین اسلام در عربستان، دانشکده پزشکی و بیمارستان جندی شاپور شمار زیادی استاد ایرانی، یونانی، هندی و رومی را در خود جا داده بود. گفته شده که حتی پزشک شخصی محمد، پیامبر اسلام، نیز از دانش‌آموختگان (فارغ‌التحصیلان) دانشکده پزشکی جندیشاپور بوده‌است.
دانشگاهی با همین نام (گندی‌شاپور) نیز در اهواز در سال ۱۳۳۴ خورشیدی به فرمان محمد رضا شاه پهلوی گشایش یافت. پس از چندی این نام به جندیشاپور تغییر کرد. دانشگاه در نزدیکی رودخانهٔ کارون در زمینی هموار و نزدیک باغ گیاهان گرمسیری بنا گردید. طرح دانشگاه به وسیله مهندسان و طراحان گوناگون ایرانی با دیدها و دیدگاه‌های گوناگون ساخته شد. دانشگاه دارای جای گردهم‌آیی دانشجویان، رستوران، مسجد و مرکز مطالعات مذهبی، زورخانه، ورزشگاه، خوابگاه، و کلاس‌های درس و کتابخانه برای دانشجویان می‌باشد. روی کار ساختمان از آجر است.
امروزه در نزدیکی جندی شاپور باستانی، دانشجویان سنت فرهنگی و دانشی آن کانون باستانی را ادامه می‌دهند.دانشگاه صنعتی جندی شاپوردزفول ودانشگاه علوم پزشکی جندی شاپوراهواز به افتخار این دانشگاه باستانی نام جندی شاپور را برخود نهاده‌اند.
در دانشگاه جندی شاپور، دوره ساسانیان، بخشی به گردآوری اطلاعات در باره بیماری‌های دریانوردان و راه‌های درمان آنها اختصاص داشته‌است. در سفرهای دریایی اکتشافی که در زمان هخامنشیان انجام می‌شد، همواره پزشکانی با کاروان‌های دریایی همراه بودند که وظیفه مراقبت‌های بهداشتی دریانوردان را بر عهده داشته‌اند. در کتاب دینکرد آمده‌است که «در دوران ساسانی در بندر سیراف و بندر هرمزنوعی دانشکده افسری به نام ناوارتشتارستان به آموزش و پرورش افسران نیروی دریایی ایران می‌پرداخت».