موزه توس
این موزه در مجموعه فرهنگی باغ – آرامگاه فردوسی قرار دارد. . در این موزه آثاری که در اثر کاوش های باستان شناسی از دشت توس به دست آمده است به معرض دید مخاطبان گذارده شده است. همچنین آثاری شامل انواع وسایل سوارکاری و رزم، انواع ظروف سفالی، مفرغی و غیره که در قرون ۴ و ۵ هجری ساخته شده اند و تابلوهای نقاشی رقم استاد رخساز و انواع فرش و قالیچه در این موزه به نمایش گذارده شده است.
موزه نادری
موزه نادری در شهر مشهد بالاتر از حرم مطهر در چهارراه شهدا هم جوار آرامگاه نادرشاه افشار واقع شده است. این موزه در دو تالار به منظور معرفی آثار تاریخی دوره افشاریه شکل گرفته است
موزه های آستان قدس رضوی
در مجموعه ی حرم مطهر امام رضا (ع) و در صحن امام خمینی مجموعه چندین موزه در کنار هم قرار گرفته اند و موزه های آستان قدس رضوی را تشکیل داده اند. این موزه ها عبارتند از:
موزه تاریخ مشهد
موزه تاریخ مشهد با ۱۳۰۰ متر مربع زیربنا در برگیرنده ی ۵۰ ویترین است در این موزه حدود ۱۹۳ اثر تاریخی به نمایش در آمده است که به دلیل اطلاعات ارائه شده بر روی آنها اهمیت خاص یافته اند.
موزه قرآن و نفایس
. گنجینه قرآن در طبقه دوم این ساختمان واقع شده است و در آن نزدیک به ۹۰ جلد قرآن، ۱۴ جلد مرقع و ۱۳ جلد لاکی و روغنی بسیار نفیس به نمایش گذاشته شده است.پنج قرآن منسوب به ائمه طاهرین علیه السلام است. از جمله خط مبارک امام علی (ع)، امام حسن (ع)، امام حسین (ع)، امام سجاد (ع) و امام رضا (ع) که به خط کوفی روی پوست نوشته شده اند.
. قدیمی ترین قرآن وقفی این گنجینه مربوط به سال ۳۹۳ هجری قمری است. که توسط وزیر و صاحب دیوان سلطان محمود و مسعود قزوینی وقف روضه منوره گردیده است.
موزه نقاشی
این موزه در طبقه اول موزه مرکزی واقع و ۴۵۰ متر مربع زیربنا دارد. و دارای ۱۵ ویترین و ۳۰ تابلوی نقاشی در سبکهای مختلف از هنرمندان برجسته ایرانی و اروپایی می باشد.
موزه هدایای مقام معظم رهبری
. اشیاء این گنجینه شامل آثار هنری (تابلوهای خط و تذهیب، نقاشی، فرش، تراش روی شیشه، معرق چوب، معرق صدف، سوزن دوزی، قلمزنی روی مس). انواع ظروف (چینی، کریستال، نقره…)، ماکتها، مدالها و… می باشد که توسط شخصیتهای ملی و خارجی به مقام معظم رهبری آقای خامنه ای هدیه شده
 موزه نجوم و ساعت
. اکثر اشیا آن از وقفیات دکتر سید جلال الدین تهرانی است و تعداد اندکی از آن از خزانه مرکزی آستان قدس به این بخش منتقل شده است.
 موزه فرش
این گنجینه در دو طبقه با زیر بنا ۹۷۰ متر مربع با فضای نمایشی هر طبقه ۴۰۰ متر مربع یکی از بزرگترین مجموعه‌های فرش ایران بشمار می‌رودکه درحال حاضر مشتمل بر۶۰ تخته قالی، قالیچه وانواع سوزن دوزی‌های گلابتون ، قلابدوزی ، ده یک دوزی ، معرق دوزی از دوره صفویه تاکنون که توسط مشتاقان و زائران و مجاوران به بارگاه ملکوتی هشتمین امام همام اهداء یا وقف شده است در معرض بازدید عموم قرارداده است .
 موزه سلاح
این گنجینه در تاریخ ۸/۴/۱۳۷۸ همزمان با میلاد مسعود پیامبراکرم (ص) و ولادت با سعادت امام جعفر صادق (ع) در طبقه دوم موزه مرکزی واقع در ضلع شرقی صحن امام خمینی (ره) افتتاح گردید.
 درباره موزه تمبر
موزه تمبر و اسکناس آستان قدس رضوی . از دهها هزار قطعه تمبر موجود در مخزن موزه حدود ۲۰۰۰ قطعه آن به صورت گزینشی مربوط به دوره‌های قاجاریه، پهلوی و جمهوری اسلامی و۱۶۰ کشور جهان با موضوعات مختلف در معرض دید بازدیدکنندگان قرار گرفته است . علاوه برتمبرها واسکناس‌های به نمایش درآمده ، بیش از یکصد هزار تمبر نیز در مخزن موزه نگه داری می‌گردد.
 موزه ظروف
موزه ظروف در طبقه دوم موزه مرکزی در حرم مطهر امام رضا (ع) قرار دارد و دارای وسعتی حدود ۴۵۷ مترمربع است. این موزه دارای ۱۸۲ اثر از دوره های مختلف تاریخی است که در ۱۰ ویترین به نمایش در آمده است.
موزه صدف و حلزون
موزه صدف و حلزون در طبقه اول قرار دارد و دارای وسعتی حدود ۴۵۷ مترمربع، ۱۳ ویترین و ۶۸۳ اثر است. اشیای این موزه بخشی از صدف ها و حلزون های دریایی است که توسط «محمد سعید فواد وهبه» اهل سوریه به آستان قدس رضوی اهدا شده است.
موزه سکه و مدال
این موزه شـامل سکه و مدالـهـایـی مـی بـاشد که از طرف افراد مختلف به آستـان قدس رضوی اهدا شده است. سکه هـای موجود در موزه در ۹ ویترین به نمایش در آمده است.
این سکه ها متعلق به دوره اسکندر، سلوکیـان، اشکـانیـان، ساسانیان، امویان، عباسیان، سلجوقیان، غزنویان، سامانیان، آل بویه و صفوی می باشد.
همچنین سکه های نقره ولایتعهدی حضرت امام رضا (ع) ضرب سال ۲۰۲ و ۲۰۳ ق. در معرض دید عموم است.